Departamenti i Kontrollit të Brendshëm dhe Antikorrupsion në Këshillin e Ministrave është riorganizuar dhe funksionon në bazë të vendimit nr.94, datë 15.02.2006 të Këshillit të Ministrave “Për miratimin e rregullores për funksionet dhe procedurat e kontrollit të brendshëm administrativ dhe antikorrupsion të Këshillit të Ministrave”. Ky departament është struktura përgjegjëse për kontrollin e brendshëm administrativ dhe antikorrupsionin në institucionet e pushtetit ekzekutiv si ministritë, institucionet qendrore në varësi të Kryeministrit a ministrave, administratës së prefektit, si dhe në shoqëritë tregtare, me kapital shtetëror.
Misioni i Departamentit është të kryejë verifikimin e hetimin administrativ të zbatimit të ligjshmërisë dhe/ose kallëzimeve për praktika abuzive, korruptive a arbitrare, të identifikojë punonjësit e administratës publike, të cilët, me veprime apo mosveprime kanë kryer shkelje te akteve ligjore/nënligjore në fuqi, të përgatisë rekomandime për çështjet përfshi edhe llojin e masave ndaj autorëve, si dhe si dhe të ndërgjegjësojë insitucionet publike në luftë kundër korrupsionit.
Në veprimtarinë e tij, ky departament përqëndrohet në zbatimin e kuadrit ligjor duke verifikuar me përparësi shkeljet, abuzimet dhe praktikat korruptive të zyrtarëve publikë. Departamenti kryesohet nga Drejtori dhe ka në përbërjen e tij 10 inspektorë.
